1441年，京都附近发生农民起义，包围京都城，迫使幕府答应取消农民所欠债务。
1462年，京都一带连年天灾、瘟疫流行，莲田兵卫率领起义农民围攻京都，使道路不通，“米谷不至”，“天下为之忧”。
1485年，山城国两个封建主集团内讧，激起人民起义。起义者推选36名（另说38名）代表组成权力机构，实行自治。由于内部不和，自治坚持8年后失败。
1488年，加贺国农民以一向宗[52]为旗帜发动起义。他们组织20万大军，包围高尾城，迫使大名富槛政亲自杀，完全控制加贺国，并扩展到京都和大阪一带。此后百余年，加贺国一直为一向宗信徒控制。
长期的农民起义，沉重地打击了封建统治，特别是封建割据势力，有利于日本的再统一。
八、日本的再统一
战国时期，连绵不断的混战给人民带来无穷的灾难，人民要求统一。经济发展和工商业的繁荣，使各地的经济联系加强，为统一创造了条件。然而，日本的市民力量弱小，且受封建势力控制，不可能成为统一国家的中坚力量。而在内战厮杀中成长起来的战国大名，虽然不受幕府统治、形同独立，但大多注意发展经济和积蓄力量，谋求国家统一。日本的重新统一，终于走上了战国大名兼并的道路。
战国大名是新兴的称霸一方的大封建主，大约有200家。他们实行家臣团制度，把辖区里的中小领主变成自己的家臣，其领地则变成自己的直辖领地。家臣平时治理乡村，战时组成军队骨干，从军打仗。有些战国大名制定家法，规定主人与家臣之间的关系和家臣必须遵守的法规，主要内容是：强调家臣忠于主人，其领地不得转移买卖，实行长子继承，通婚和遗产继承须主人同意，不得相争，违法者处酷刑等。战国大名比较注意安抚流民、兴修水利、开垦农田，打仗往往安排在农闲，以发展农业。同时奖励工商业，积极开发矿山，从而拥有雄厚的经济力量。